文科省
 旧科学技術庁系を科学省を独立させる
 旧文科省は内閣府に教育関係の3条委員会「文部委員会」を作り
  その下に教育局、高等教育局を置く
 文化庁とスポーツ庁は科学省に移管する

財務省
 財務省から予算編成権を首相官邸(内閣官房)に移す
  主計局 → 内閣予算編成局
  ※内閣官房には他に内閣人事局がある
 財務省は解体し、国税庁を母体に税務省を設立
  国税庁 → 税務省

他に問題省庁は無いかな