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導入→自分自身との対面→ねじれた因果の解体
という構造そのものは月姫でもやってて、
実質アルクがセイバー対応、シエルが凜対応（ロアがアーチャー同様主人公の根幹に関わる）。
月姫では通称裏ルートと称される遠野家ルートに三人のヒロインを配置した（秋葉、翡翠、琥珀）のがテーマの整理に一役買ったのではないかと思う。
幻のさっちんルートはおそらくロアの掘り下げで、シエルルートの補完（残念としてのロアではなく全盛モードのロアを倒す）的な役割。

まあヒスコハルートの主題が絡新婦の理の○パクであったりとか問題もあるけど、
Fateの構成それ自体は既に月姫で土台ができていたと考えられる。

で、菌糸類がイリヤルートどうこうを桜ルートの言い訳にしてるのは、
桜とイリヤの両方が「聖杯というシステムのために用意された部品」であるためそこから解放するのがルートエンディングの筋だが
アインツベルンとマキリを別勢力として設定してしまったために「解放プロセスを流用できない」のが本質ではないかと思われる。
これが月姫との違いで、遠野家という枠組みさえバラせば基本的に裏ルートの三人はまとめて処理できるのよね。