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JASSM（-ER）は航空機発射のミサイルであり
トマホークのように艦艇や潜水艦から発射することは出来ません。
逆にトマホークを航空機から発射することも出来ません。
つまり発射プラットホームが全く違います。開発時点の違いからステルス性にも差があります。

ところでJASSM-ERとJASSMの最大の違いはエンジンです。
燃費の改善により、大きな射程の延長（370km→1000km）が得られました。
この射程延長は対空ミサイルやレーダーの高性能化に対抗して
敵の対空脅威圏外から攻撃を行うために必要とされました。

そもそもトマホークはゆっくり移動するプラットフォームから発射され
長大な射程（1300〜2500km）を持ち、当初は核弾頭タイプもあった巡航ミサイルであり
高速で移動する航空機から目標に近接して使用するJASSMとはまったく別枠だったのですが
上述の事情でJASSMの射程が延長された結果、射程距離等が重なりかけているわけです。