合体潜水艦だと分離合体する時以外は場所とり&弱点にしかならない接続ポート等を抱えることになる

支援艦のほうを浮きドック型にして潜水艦に妙なメカをつけなくて済むようにしたとしても
今度はこの支援艦が図体でかく低機動力で自衛能力皆無となるのは必至
護衛に余計な艦が必要になる

コストで考えても原潜のほうがたぶんおトク
(今の日本に原潜が必要かどうかはまた別の問題)