>>347がいうように、A型94億円、B型132億円で買うっつってんだから、F-35調達の機体単価としてはその値段なんだろう。

合わない額は、その他関連経費として別途計上することになるかと。機体だけ買えば戦力化できるわけじゃないしね。
実際、今年度の予算でも、↓のように書かれている。
「その他関連 経費（整備用器材等）として、 経費（整備用器材等）として、 経費（整備用器材等）として、 経費（整備用器材等）として、 経費（整備用器材等）として、 別途３７４億円を計上」
https://www.mod.go.jp/j/yosan/yosan_gaiyo/2020/yosan_20200330.pdf