>>862
実際に作られてる作品群だとどっちのケースもある。特撮戦隊モノにさえ自衛隊所属の例があるくらいで。
(ただし、あまり子供向け作品でそれをやると保護者から苦情が来る)

で、人間時代の特殊能力とは別だが、別組織を作った挙句に国家権力が自衛隊を使ってその能力を
管理下に収めようとする例で有名なのがエヴァンゲリオンかな？

とにかく超能力の類にせよメカにせよ飛び抜けたものは「利権争い」の対象になると考えるとわかりやすい。
SFモノ？だと「ワッハマン」みたいな例もあるかな。一応自衛隊管理下に入るけど事実上独立愚連隊みたいな組織とか。