＞その母港である横須賀（池子）や佐世保（前畑）の弾薬庫に核弾頭が以前から備蓄されていた可能性が高いと思うけど。

無い無い。

池子は「陸軍の施設」だよ。海軍に移管されたのは1970年。
横須賀市もケネディが大統領に就任して安全保障の努力を日本に要求するまではガンガンに軍用地を払い下げてた。
終戦時に市の面積の18％が軍用地だったのが、60年までに払い下げた軍用地は市の面積の8％以上。
市長も革新系だったから、核戦争で米軍がいなくなったら、基地の規模はえらい勢いで縮小されるだろうな。
一般に母港化と呼ばれる空母の前方展開も、69年のニクソン政権から出た話だし。

前畑弾薬庫は海軍だけど、佐世保の能力が横須賀と比べるとアレで、第7艦隊の佐世保集約を諦めた経緯もあるし。

さすがに戦略核を同盟国の陸上に置いて、戦時に取りに帰るとかという運用はしないんじゃないかな…。
即応性命でしょ、ああいうのって。