まとめるとこう？

[イージス艦]
・再配置できる
・着上陸・コマンドーの攻撃に(水上にいれば)強い
・船なので稼働率・低
[イージスアショア]
・陸上の建物なので船よりメンテ間隔その他に優れ稼働率・高
・動けないのでそのものを狙った攻撃に脆弱

どちらかということではなくて補完するものと考えればいいのでは
極端に片方が高いわけでなし
「遥かなる星」2巻で戦闘機とSAMで似た話を展開していたものだった。