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確かに軍艦同士の挨拶は、指揮艦の階級の上下で定まっていて
① 下の階級の船が、まず軍艦旗を半分降ろす
② 上の階級の船が、同じように軍艦旗を降ろしてまた上げる
③ 下の階級の船が、降ろした軍艦旗を元に戻す

で完了
なお商船と軍艦の場合は必ず商船が「下の階級の船」と同じ対応をする
なので半旗とかツッコんでも、それは挨拶の最中の一シーンを切り取ったもの、かもしれない