いやいや、中国ってできてからまだ70年ほどしか経ってませんが。
新疆ウィグル自治区は中国の版図にはいったのは後漢の頃ではなく清代の頃です。

新疆ウィグル族は当初景教を信仰していましたが、後に、ウィグル族は自主的にイスラム教の改宗した経緯があります。

清代の頃は清代と新疆ウィグル族との関係は良好でした。

上記の版図を継承した漢族主体の中共政権から関係は良好ではなく、
中共政権から新疆ウィグル人に対する人権弾圧が激しくなってきた経緯があります。
一度、新疆ウィグル人は東トルキスタン共和国という国家を樹立しようとしたことがあります。
この国を弾圧して中共は領土にいれて不可分の領土と主張しています。
現在、東トルキスタン共和国の亡命政府はアメリカのワシトンにあります。