染色体という概念が成立して高々100年程度なのだから、皇位継承で気にする必要はないでしょう。
皇室より格の高い家が存在しないから、本家が絶えた場合に分家から捜してくる以外の解決策が存在しないため、必然的に男系で繋がっていたというのが現状なわけで