F-105には核爆弾搭載用に爆弾倉があったそうですが、
ベトナム戦争において爆弾倉に通常爆弾を積まなかった（あるいは積めなかった）のは、
なぜなのでしょうか？

核爆弾の搭載に特化しているので、たくさん積めないというのは理解できますが、
全く積めないとも思えませんし、爆弾倉に積んだほうが少なくとも空気抵抗は減らせます。