CIWSの射程なんてたかだか2～3千メートルしかないから本当の拠点防衛にしか使えないし、
CIWSの基本性質として「射程内に入ってきたモノは全て敵」だから文字通り問答無用で
敵味方識別なんかしないわけで、アレ実は非常に使いどころの難しい兵器なのよね

最近のCIWSにはリモートコントロールモードを持つタイプもあるけど（海自も装備しているファランクスⅠB型とか）
リモコンは結局単なる手動操作でしかないから、それならそれ用の兵器を使う方が手っ取り早いし便利
装備する数が限られる軍艦用だから副次的な機能を持たせる方が良い、というだけ