そもそも構成要素を先行開発したのは炎上リスクを減らすため
ウエポンベイにしたって先行開発の成果を生かしてリスクを減らす為に
二段積みなんてことは実機ではやらんと考えた方がいいだろう

それとF-3はある特定の対象だけを迎撃すればよいという機種ではない
小型の戦闘機、巡航ミサイル、大型機を迎撃しないといけない
迎撃対象の速度もかなり速度がある対象も含まれている
だから、ある能力に特化して他の能力を犠牲にして開発するということはできない
航続距離重視といっても速度や上昇力を犠牲にしてよいというわけでもない
あくまでバランス型でないと要求性能は満たせない