哨戒艦に40mmという話は

・はやぶさ型が退役した頃には76mm搭載艦はきりとむらさめ型だけになる
・76mm砲は生産ラインが閉じられてから長い（最後は2004年就役のしらたか）
・掃海艇向けやDDの対小型艇向けに30〜40mm程度の中口径機関砲需要が存在してる
・掃海艇に30mm機関砲採用するのは教育など整備するコストからこれまで却下されてきた

というのがあっての話だからね。
つまり76mmを引退させて40mmを追加採用させたいから、哨戒艦で76mm砲を採用してほしくない、と言う話。
哨戒艦だけなら76mm砲はベストだけど、
海自全体の武装体系からすると76mm砲はフェードアウトさせたいという主張と繋がる話になる。