防衛大綱の骨子にある「海上自衛隊の体制」には、水上艦艇部隊（護衛艦部隊、掃海艦艇部隊）、
哨戒機部隊（回転翼、固定翼）、潜水艦部隊と並ぶ形で哨戒艦部隊が書かれている
http://www.cas.go.jp/jp/siryou/pdf/h31boueikeikaku_kosshi.pdf

まあ哨戒艦部隊についても他の部隊と同格の扱いを考えていたんじゃね
個人的な考えとしては地方隊下の警備隊にでも組み込んだほうが普段使いには便利そうに思えるが