個人的にだが、江戸幕府に対する朱子学の影響はそんなに大きくなかったと思うなあ。
少なくとも、林羅山のような政治と学問の怪物が朱子学の毒に気付いてないはずはない。丁寧にバラして選別した上で体系構築してると見る。
むしろ問題は傍流である水戸史学や京都であって、攘夷論や祭政一致論として明治以降にまでくすぶり続けた影響のほうがよっぽど大きいんじゃないかな。

あと武家の流れに対する陽明学の影響が実態より軽んじられてると思う。誰の言うことも聞かない一匹狼の狂戦士を量産する負の側面もあるからなアレ。
「一度獲得した土地への執着と土着化、軍閥化」という形で皆知ってる例の事変に繋がっていく流れとして無視できないんじゃないか、とは。