個人的には　
対艦ミサイルなどの所謂巡航型は国産で行けるだろうけど（許される）
1000km越え以上の滑空弾・弾道ミサイル（地対地）は米国と共同開発か共同運用になると思う。

仮に中国の基地・空港を叩くとなった場合
日米でそれぞれ何処を叩くかで分担しておかなければならない（共同作戦になる訳ですから）
そーなると、日米で共通兵装になると思う。
またそーする事で日本を抑止力の紐付きにしておきたいって意図になるんじゃないかな？

1000マイル以上の中距離ミサイルは最低共同開発になると思う。（輸入もあるかも？）