そういうことか

実は「neapolitan」は英語のスラングで「不潔な料理」を意味する単語なんです。
そして、このスラング「neapolitan」をそのまま「ナポリタン」と訳すことで起こる英文と日本文の違いを楽しむ言葉遊びの一種です。

なので「そこで私は気づいてしまった･･･」とは「不潔な料理で有名なレストランに入ってしまった」と言うことです。