命令①「ミッドウェー島航空兵力全力をもって日本空母を攻撃せよ」
この命令はどの時点で出されたものなのですか？

テンプレ米海軍作戦概要にはこうありますね。
Inflict maximum damage on enemy,particularly carriers, battleships and transports.
命令②「敵に最大限の損害を与えよ。優先順位：空母、戦艦、輸送船団の順」

テンプレには記載されていませんが（作戦計画第２９号～４２号）を調べるとここの７ページ目に
https://www.ibiblio.org/hyperwar/NHC/NewPDFs/USN/Action%20reports/CINCPAC.Ops.Plan.29-42.Defense.Midway.1942-06.pdf

Midway Local Defense
(1)Hold MIDWAY
まずミッドウェイの維持を任務に挙げていますね
敵に最大限の損害を与えよという命令よりも先に記載されています
つまり命令①が発令されるまでは戦闘機を防空にあてることは命令上は全く問題ありませんね

では命令①がいつ発令されたものなのか
命令②に従ってB-17を輸送船団攻撃に向かわせているわけですから
当初から命令①が発令されていたわけではないと考えられます。

https://www.ibiblio.org/hyperwar/USMC/I/USMC-I-V-4.html
ここの224項３段落目には以下のようにあります。（やはり翻訳にはあまり自信がありませんが）
『Meanwhile, as Nagumo vacillated, Admiral Nimitz's orders for Captain Simard to "go all out for the carriers,
" while Marine antiaircraft batteries worried about Midway, were under execution. 』
『南雲が（空母発見の報に）動揺し、海兵隊の対空砲部隊がミッドウェーの心配をするさなか
ニミッツ提督はシマード大佐に命令した。「空母に対し全力で当たれ」（命令①）』

このようにシマード大佐が戦闘機隊の発進を命じた時点では命令①は発令されてないと思います。
故に命令違反にもあたらないと思います。