「作戦計画第２９−４２号」「ミッドウェー島航空兵力全力をもって日本空母を攻撃せよ」
の２つの命令が出ているわけですよね。２つの命令に背反する部分があるのならどちらにより重きを置くか
判断しないといけないでしょう。
前者はは５月２７日発令と時期も明らかで内容も明確ですね。
後者は「ニミッツ海軍大将は、シマード海軍大佐に対して、同環礁（ミッドウエー島）
の防備は、対空砲火に一任することにして、 ”敵の航空母艦群に対して、全力を挙げて攻撃せよ”」
とりあえずこの２行しか明示されておらずどのような状況、想定で出された命令か分かりませんよね。
前者の命令（島の維持）に重きを置いたとしてこれだけの情報しかないにもかかわらず
命令違反は明らかだとは言えませんよ。

>>262のリンクはアメリカ海兵隊本部G-3課歴史支部が書いたものです
（ニミッツの命令は）実行中＝実行に移されたわけですよね
海兵隊本部は戦闘機が随伴してないにもかかわらず命令は「実行された」と言っているのですよ