1940年（昭和15年）11月1日 - 海軍大学校校長

1941年（昭和16年）4月10日 - 第一航空艦隊司令長官

1942年（昭和17年）
7月14日 - 第三艦隊司令長官
11月11日 - 佐世保鎮守府司令長官

1943年（昭和18年）
6月21日 - 呉鎮守府司令長官
10月20日 - 第一艦隊司令長官

1944年（昭和19年）
2月25日 - 軍令部出仕
3月4日 - 中部太平洋方面艦隊司令長官兼第十四航空艦隊司令長官
7月6日 - 自決

戦艦陸奥爆沈事件で解任された清水中将の後任として、南雲が第一艦隊司令長官になった
しかし第一艦隊は解隊となり、行き場がなくなった南雲はサイパンへ送られた