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「承知しました」と伝えると「依頼されたことを理解し引き受けた」ことになります。
そのため、ただ返事をするときに使用するのはおすすめできません。
自分が依頼された仕事を引き受けられないときや、使い方に違和感をおぼえる場合には、下記のような類語に言い換えてみましょう。

了解しました
「了解しました」も「承知しました」と同様に、「わかりました」と伝えるときに使用する言葉です。
「了解」には、相手の事情を思いやって納得する、理解するなどの意味が含まれています。そのため「了解しました＝理解しました」と言い換えることもできるでしょう。

了承しました
「了承しました」も「わかりました」と伝えるときに使います。意味は「相手の事情や申し出を納得して承知すること」です。
「承」の文字が使われていることから一見すると謙譲語のように思われてしまいますが、「了承しました」は目上の人には使いません。
なぜなら「それで大丈夫です」「許可します」といった上から物を言うニュアンスが含まれているからです。

かしこまりました
「かしこまりました」もよくビジネスシーンで耳にする言葉です。「かしこまる」には、「目上の人の言葉を謹んで受け止める」という意味があります。
謙譲語でやわらかい雰囲気が出る「かしこまりました」は、メールや文書よりも会話のなかで使用されることが多いでしょう。