上にも書いたが、ミッドウェー海戦の作戦目的は、
天皇勅命である大海令18号はミ島攻略
その下位階層の大海指94号で敵艦隊が出てきたら撃滅しろ
つまり、作戦目的の第一は島、第二は敵艦隊という階層

ミ島上陸は月齢も考慮した6月7日と固定、機動部隊の戦闘はここからの逆算
それまでに敵航空兵力を潰しておかないと上陸作戦ができない
作戦が生きている限り機動部隊は米空母を殲滅するのが使命だから飛竜は最善を尽くした

これが流れを踏まえた理解というもの

で、作戦中止命令は「ミッドウェー攻略ヲ中止ス」
最上位目的のミ島上陸中止で、機動部隊を含む全ての作戦行動が中止された