ミッドウェー海戦で南雲は鈍重な旗艦「赤城」の操艦を艦長・青木泰二郎に代わって自ら行い、魚雷6本を回避したと自称。
ただし、海戦後に作成された戦闘詳報によると、ミッドウェーで赤城が受けた魚雷は、TBFアベンジャー雷撃機からの2本（4本投下され内1本は自爆、1本は遠くを通過）と、B-26マローダー双発爆撃機からの1本のみである。
航空参謀の源田中佐によれば、赤城への雷撃を回避する操艦を自ら指揮する南雲長官を見て、見事な指揮ぶりに感心させられたと述べている

航空素人南雲は航空玄人連中に操艦を見せつけることで威厳を示したかったのだろう
しかし司令長官としての作戦指揮を放棄して操艦ごっこで喜ぶことは司令長官失格