仮に本籍地を変更したとしても、「どこから転籍してきたのか」という記載が入る。
もっとも、過去の本籍地を所管している自治体そのものがなくなってしまったら、
元の本籍地での戸籍に関する情報は調べられなくなるが。

余談だが相続手続きの際、被相続人が本籍地を何回か移している時は、結構手間がかかる。
特段の事情が無い限り、本籍地はあまり動かさない方が良いかも。