マイクロ炉もスターリング機関も発電時に動作音がするのは変わりない
マイクロ炉は原子力だからハードルが高い
スターリング機関はハードルは無いし水素ではないので取り扱いも容易
燃料電池は冷却器以外は無音に近いが水素を貯蔵しないといけない

一長一短だ。すぐに戦略潜水艦を配備するなら安全性も考慮してスターリングだろう。
スターリングでも連続６０日潜航ぐらいが限界だと思う。
まあでも船員にも６０日はきついので、そんなもんだろ。
燃料電池で６０日だと途方もない量の水素が必要でありちょっと厳しい。