どう接続してるかわからんがUSBでMIDI信号を拾ってるならUSBからパソコンのノイズを拾ってる可能性はある。我が方もかつてマウス由来のノイズに悩まされたものだ。

原因がこれならためしにMIDIケーブルで制御してみると良い。