この間CMカットについて質問した者だけど、土日の試行錯誤でこんな感じで妥協した。

1.handbrakeでのエンコード時、min-keyint=1:scenecut=80を追加して、CMから本編の転換箇所がほぼ確実にIフレームになるようにする
(あと、インターレース保持が好みなのでtff=1も)
2.Avidemuxでキレイにカットして完成

必要以上にIフレームが入ることになるので、圧縮効率が少し悪くなってしまってると思う

ここでVidCutter教えてもらったけど、矢印キーでのフレーム移動の反応がいまいち悪くて、意図したところでうまくカットできなかった

カット後の動画がプログレッシブ扱いになってしまうことも含めて、俺には合わなかった