わかさ的な冒頭カットでなんとかなりそうだけど違ったのかな
「番組情報だけ残す」がなんのことか分からないけど、「音声チャンネルで分離」とか「番組情報で分割する」という選択しや
Murdoc Cutterで焼き直し（今確認すると"PID is minimum selection (PID Select dialog)"というオプションあり）も
藁にすがるつもりでためしてみたら

>>836
avisynth自体は音声扱えるよ
今の自分は試す気はないけどカスタムスクリプト弄ってみるのも一興かも

http://avisynth.nl/index.php/ResampleAudio

ちなtssplitterやMurdoc Cutterは処理したもので上書きするんじゃなく
別名で出力するから元ソースは破壊されない