リアルに準じた話をするなら、仮に法的な問題がクリアされて自衛隊がダンジョン攻略を行った場合、一番の問題となるのが武器弾薬を始めとする自衛隊が消費する物質や必要な資材の供給が追いつかないことだろうな。

自衛隊の物資の備蓄ってしれてるし、何より各消耗品や資材の供給メーカーやその業界において有事の増産供給体制が全く用意されていない。
というか、ぶっちゃけ自衛隊向けの資材や消耗品は（本音を言えば製造を廃止したい）供給メーカーの善意で供給が維持されている状態なので、生産供給を増やせと言われてもどうにもならんのが現実。

よって自衛隊がダンジョン攻略なんてしなくてはならなくなった日には、無い袖は振れない供給メーカーと何とかしてくれとしか言いようがない自衛隊側との狭間で、製造現場や下請けは阿鼻叫喚の地獄になること間違いなし。