ご回答ありがとうございます。

SAIv2をアクティブ化させる際にタイトルバーとメニューバー以外の場所は
クリックしてもウィンドウがアクティブ化されるだけで操作は無視されるのが仕様通りの動作です。
アクティブ化と同時に操作できたりずっと操作できなくなったりするのは不具合です。

下記のURLにテスト版を用意しましたので上手く動作するかどうか確認していただけませんか？

　64bit版: https://www.systemax.jp/bin/sai2-WintabTest-20240222-64bit-ja.zip
　32bit版: https://www.systemax.jp/bin/sai2-WintabTest-20240222-32bit-ja.zip

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ワコムの最新ドライバではペンタブレット制御がVer.1互換モードの場合に
ウィンドウのアクティブ・非アクティブを切り替えるとドライバがおかしな動作をすることを確認しました。
以前はそのような動作はしていなかったと記憶しているので、ドライバの動作が変更されたように思います。

SAIv1が問題なく動作するは何故なのかと違いを確認してみると、
ウィンドウがアクティブ化される際のWintabの有効化の方法が異なっていました。
SAIv2はワコムが公開しているサンプルコードに示される方法に倣って自前でWintabを有効化していますが、
SAIv1は自分では何もせずWintabドライバの自動有効化機能(*)に任せています。
(* … Wintabの仕様外ですが、ワコム(おそらく他社も)のドライバはWintabの有効化状態を自動制御する機能を持っています)

Wintabの有効化をドライバに任せると上手く動作するということですので、上記テスト版はそのように修正しました。