185氏の案を読んで思いついたことを書いてみます。

>被害に遭ったヤスの身内が女の子だとすると、
>教師がロリコンであるのかショタコンであるのかよくわからず、同様にヤスの犯行も意味わからん。
「②ヤスの動機」と絡めて、初めの被害者を姉ではなく兄にする。
ヤスは復讐のために入学しているので自分がターゲットにならないため女装。

>何故ヤスが他人を巻き込むのか？という点に納得のいく理由を用意する必要がある
被害者を「ヤスに言い寄ったことがある少年」に絞ってみたらどうだろう。
被害者がヤスを庇ってしらばっくれたりする理由にもなる。

主人公がヤスを女の子だと信じている設定であってますか？
その場合ならヤスは犯行時男装(といっても良いのか？)しているため
犯人は「男」であると主人公に印象づけ、容疑者リストから外れる。
(ヤスに「犯人の男」と繰り返し発言させたりする)

ポイント制面白そう。
どれくらい余裕を持たせるかのバランスが難しそうだけど。