いや、それでいい

２DSTGならばキャラの中心をキャラクタの座標に持っていったほうがいいよ
描画はその座標からXとYを左上にずらすわけだ

そうしないとたとえば破壊したとき爆発を出すでしょ
様々なサイズのキャラクタをあつかうと困るから

それにあたり判定程度どんなにキャラが増えても100MHzこえていれば問題にならないよ