エミュ(nullDC)でしか確認してないけど
38氏のbuildスクリプトでgcc(4.1.2)&binutil(2.17)をビルドして
cygwinでkos-1.2.0をビルドして出来たlibをmsysでビルドしたkos-1.2.0/libに上書きコピー、
kos-1.2.0/examples/ ... /kgl/demos/bubblesをmakeしたら動いたよ

cdiは ttp://dchelp.dcemulation.com/?BootDreams で作った