俺だったらテキストデータで
E:idx:xpos:ypos:flag
みたいなのを一行づつ読むのを作る、というか実際そうした。
E:1:32:-16
E:1:32:-24
W:30
E:2:64:-16
だったら種類1の敵をx=32 y = -16 と　y = -24 に出現さして、30フレーム待って、x=64に敵出現
ゼビウスみたいに背景と連動するにはまた違ったやり方がいいだろうけど