透過フラグの存在は初耳です。
でもキャラスプライトに二つ以上の透過色が
必要な使われ方はしてなかったようです。
何かのフラグが残ったままって可能性はありそう。

>>682
そういうケースもありそうですが、
パレットアニメが使われてた様子はないっぽいです