少なくとも>>582の参考画像見る限りウインドウ同士は重ね合わせ処理してるっつうか、単に親ウインドウが表示されてる処に有無を言わさず
キャラクタ単位で矩形範囲消去してそこに子ウインドウ表示、親ウインドウ側は表示カラーパレットを白からグレーに変更してるだけ、だと思うぞ？
単純にキャラクタ単位で書き換えてるだけだから同一BG面内で表現出来るしアルファ抜きで背景と半透過でのハードウェア合成行けるだろ
ROMの容量制限が厳しいコンシューマで態々無駄にデータ量増やす様な真似はしないと思うけどなぁ
つか上側のステータスウインドウは背景やキャラ透過してるけど下側のメニューウインドウはそもそも只の黒バックで透過はしてないな