今おれが作ってるやつはツクールではないが、

司令部クラス（複数の軍団を管理）
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軍団クラス（複数のユニットを管理）
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ユニットクラス

①司令部が全体的な戦況をポイント化して、複数軍団に立場を通知
立場ってのは「攻勢」とか「防衛」「退却」みたいなおおまかな指針。
②立場を受け取った軍団クラスが、立場に応じたアルゴリズムパターンを切り替え
③「攻勢」なら特定のユニット、エリアを対象に戦闘行動
「退却」ならプリセットされている防衛ラインに最も近いポイントへ移動
といった命令を軍団が各ユニットに通達。

といった感じ。ま、参考までに。