バージョンのせいじゃなくちゃんとアンインストールしてないせいじゃないか？
ツクール2000に関して記述されてるレジストリーキーを削除すれば動くだろ

だいたいHDD（E；）に移すならインストールが必要なアプリやドライバーじゃなく
ただのデータを移せよWindowsPCの使い方のセオリーくらい理解しろ