そういえば当時メガドラで開発してた人の話だと
セガロゴ出してる時間が長いのはVDPの初期設定に時間が掛かるかららしい
あの間に取り敢えずロゴとソフトによってはせーがーと喋らせて
裏で設定してたみたいだね

なのでセガ純正ソフトの初期化ルーチンをそのままぶち込んでやったほうがいいかも
詳しく見てないけど普通はVDPの初期設定中は割り込み関係全部止めてるはずだけど
SGDKは止めてないか適切なタイミングで止まってないかもね

因みにMKIIIでも同じルーチン使ってるのに
ゴミ出たり出なかったりするんだよね

後見落としがちなのが各種メモリの初期状態
実機ではメモリ状態は保証されないけど
エミュだとFFや00で勝手に埋まってるから場合によっては問題出ることも
気合が入ってるエミュだと実機の状態を何度かキャプチャして
初期状態を再現するものもわずかにあるけども