まず初めに主観を語ります
なぜ作業化してしまうのかを考察すると　操作方法が単純明快（にしなければならないが）であるがゆえに操作を思考する過程が省かれるため、が1点
RPGの概要を見る限りとてもミニでは実現できないと予想される。
2Dであることに関しては何も言うことはないけれど、DQ風というかオーソドックスなタイル移動型を廃止すべきであると思われる。
PC上のゲームであるならば尚更、移動用デバイスはマウス指定による1ドット単位での自由移動が望ましい。もちろんWASDでの自由移動でも構わないがタイル移動型は望ましくない。
ランダムエンカウントとあるけれど、斬新なアイデアを使うことを念頭に置くならば、ジャパニーズPRGという基本的概念を頭から少し除外した方が良い。
エンカウントして戦闘シーンに移行するというチープな概念は捨てるべきであると思われる。

横槍で失礼、以上は個人的な意見。
どうすれば単純作業になりにくく、かつ面白くなるのかについては人それぞれだと思うけれど、私の意見はまた後ほどにでも。