.blendファイル内に情報を載せとく利点は自動配置だけではないんです。
UNITYプロジェクトファイルを複数の人間が
編集するというリスキーな操作を回避できるのも
ポイントなんです。

複数のバージョンにプロジェクトが分岐してしまって
一本化できなくなるのもよくある話でしょう

また、敵やアイテムの自動配置以上の機能を持たせることもプログラマの力量次第では可能かなと思います