意見が欲しいからスレ立てたとのことなので、ぱっと思いついたこと。

コンセプトの戦略性の高い戦闘の「戦略性」とは何か。
他のゲームの戦闘と何か違うのか。コンセプトを決めたからにはビジョンみたいのがあると思うので聞いてみたい。
また、それを実現するために何をすべきなのか。システムは個人で構築可能なものなのか。
コード実装の方針が漠然とでもいいので思いつかないレベルのものをつくろうとするのであれば頓挫するので妥協と再検討が必要。

シナリオ、探索、戦闘を全て盛り込むと、当然ながら一つのゲームに三種類のゲームを詰め込むも同然となる。
3つのエンジンのようなものを積む必要が出てくるがこの労力は半端じゃない。まあ探索が選択式なら実質2エンジン。
他者向けじゃないにしろ、究極、ADV制作ツール、戦闘制作ツール　を全て自分で一から制作するようなもの。
工数や規模はどの程度を想定しているのか。何十年とかければ話は別だが、
仮に製作期間を1年とした場合は、どれも広く浅くせざるを得ない。プロならともかく実績がない個人なら1年でもきつい。
それなりに遊べるようなものを仮に俺が作るならグラフィックとかシナリオとか抜きで、これだけで1年は見積もる。
丸1日ずっと使えるなら別だが仕事や私用があることも当然考慮しないといけないというところが重要。

周回プレイをさせる場合、整合性をとるのが非常に難しくなる。
処理的には一括で制御するとしてもデバッグが非常に面倒。
また同じ敵に複数の思考パターンを持たせるとする場合のAIはどうするのか。
思考パターンは敵ごとに異なるのか。だとするとAIを敵の数×αだけ作る事になる。
これはプロでもメンバーを集めて作業するレベル。妥協点をどこにするのかを聞きたい。
ただここで妥協すれば当然コンセプトからも外れる。そのボーダーはどこでどう実現するのか。

パーツによるカスタマイズとあるがパーツはどの程度作るつもりなのか。
冷静に考えてほしいのが部位ごとに何十種類とパーツを作った際のパーツ総数。
そして組み合わせパターンの総数。当然ながら全てのパーツにパラメータを割り振り、かつバランスを崩壊させないとなると
どれだけの労力が必要かわかるはず。ちょっとパーツ増やすだけで何千パターンの確認が必要になる。