>機能分割や結合度の制御の話なら、プログラムから追い払って別の言語で
>記述しなくても出来ることではないかと

そんな便利な方法がスクリプトを使う以外にあるなら教えて欲しいな
例えばマルチスレッドは、同期の問題やらメモリーの問題やらがあるから扱いに手間がかかりすぎる
後、スクリプトの保守性の容易さもスクリプトを用いる要因として挙げておく
バイナリーデータで作業するよりテキストデータで作業する方が楽なんだよ

他には、プログラムは上から下に読める方が楽というのもあるな