我ながら上手く説明できていないので、直前のセーブファイルを↓にアップしました
(どうもアップローダのURLのせいで書きこめなくなるようで、
お手数ですが「あ」を削除してアクセスして下さい)

httあps://uあx.getあuploader.com/sukosizutu_games/

ロード直後にワープポイントにいるフラッグシップを撤退させて
ターン終了すれば状況が再現すると思います(おま環かもしれませんが)