1:まずクリアフラグ用の変数を「_」で始まる変数で用意します
仮に「_flag00」としてみます
2:「最小規模システム」のサンプルを例にすると、
00.txtの@first_settings以下に次の一文を追加します
_flag00 = 0
3:savedataフォルダの中身を全部消しておきます

以上でたぶん期待した動作になると思います