KAGEXのfront/backの実装はちょっとbuggyな感じなんであまり使わない方がいいとは思うけど
ざっと見たところsystem/KAGEnvLevelLayer.tjsのfunction toBack()内の後半部分にある
if (target.absolute < index) {
の「<」を「<=」にしたらどうだろうか？
恐らくabsoluteが同値の場合どちらが手前にくるか不定になるからバグってるんじゃないかと思う
同様にtoFront()の方も同じような処理のところの「>」を「>=」にした方がいいかも？

動作確認してないので直らなかったらすまん