ためしてないので出来ないかもだけど
設置したオブジェクトがレプリケイトされたあと、設置したキャラのローカルのみオブジェクトのコリジョンを変更する方法はどうだろう

サーバーのオブジェクトのコリジョンかえた場合に設定が不要にレプリケイトされてしまう場合は
オブジェクトの生成はレプリケイトせず、自力で同期とるとかかなー