>>640
そもそもGameObject.Find()に依存した作りはお勧めしない

Destroyに関しては一応DestroyImmediateという即時削除メソッドが定義されているが、エディタ拡張を作る目的以外の使用は推奨されない
素直にDestroyを呼んで待つべき

Instantiateに関しては、Instantiateを実行した時点でインスタンスは存在する。ただしこれがヒエラルキーツリーに組み込まれるまでに遅延がある
よって生成されたオブジェクトを即時初期化したい場合にはInstantiateの戻り値に対して操作を行うと良い
また更に、AwakeやStartの処理が終わっていないオブジェクトのメソッドの呼び出しは推奨されない
Awakeでの参照関係の解決やStartによる初期化が終わっていないと正しく動作しない可能性があるから

プレハブ内で完結する操作ならInstantiateの戻り値に対して行えばいいが、それ以外は１フレーム待つのがいいと思う